ФГУП Росморпорт создано в соответствии с постановлением Правительства РФ от 25.09.2002 № 705 «О совершенствовании системы государственного управления морскими торговыми и специализированными портами», приказом Министерства транспорта РФ от 28.11.2002 № 154 «О мерах по реализации постановления Правительства РФ от 25.09.2002 № 705» и распоряжением Министерства имущественных отношений РФ от 07.04.2003 № 1069-р.